腸内に生きたまま届き、腸内細菌のバランスを改善することで人間などの健康に有益な働きをする微生物の事を言います。
またはこうした微生物を健康に役立てようとする考え方をいいます。
病原菌だけでなく腸内の有用菌も殺してしまう抗生物質（アンチバイオティクス）に対比する言葉として、共生（プロバイオシス）を語源に作られました。
代表的な微生物に乳酸菌、ビフィズス菌、酵母類などがあります。